Gutes Mehl kann nur aus sauberen, gesunden Rohstoffen hergestellt werden, daher ist eine rein mechanische Reinigung unabdingbar. Verunreinigungen des Getreides werden durch die Säuberung des Getreides vor der Vermahlung entfernt .
Um die an sich spröde Schale besser vom Getreideinneren, dem Mehlkern, trennen zu können, wird Wasser in einem feinen Nebel und in genau berechneter Dosierung auf das Korn gesprüht, dringt in die äußere Schale ein und macht sie elastisch.
Hat sich die richtige Feuchtigkeitsverteilung zwischen Schale und Mehlkern eingestellt, beginnt der eigentliche Mahlvorgang.
Das Mahlen von Brotgetreide umfasst zwei Arbeitsprinzipien: zerkleinern und sieben.
Damit der Mehlkern überhaupt zugänglich wird, muss das Korn zunächst vorsichtig in Längsrichtung aufgebrochen(d.h. geschrotet) werden.
Des Müllers Kunst besteht darin, aus diesen grobkörnigen Bruchstücken das Mehl möglichst vollständig herauszulösen. Beim Schroten fallen Kornteile unterschiedlicher Größe an, die in einem ersten Siebvorgang sortiert werden. Die größeren und mittleren Kornteile werden von Walzen immer weiter zerkleinert. An jeden Mahlvorgang schließt sich wiederum ein erneutes Sieben an.
Schritt für Schritt wird dieser Vorgang anschließend am immer feineren Produkt wiederholt, um das Feine vom Groben zu trennen. Die jeweils anfallenden feinen Partikel, das Mehl, werden abgezogen und in Silozellen gelagert. Das Mahlen und Sieben wiederholt sich so oft, bis den Schalen kein Teil des von Natur aus hellen Mehlkerns mehr anhaftet. Die verbleibenden braunen Schalen bilden die Kleie oder dienen zur Herstellung von Vollkornmehl und Vollkornschroten, denn dazu werden alle Teile, auch der Keimling und die Randschichten zusammengeführt.
Vollkornmehle werden heute vornehmlich nicht mehr auf Mahlsteinen produziert, sondern mit Hilfe von Walzenstühlen und Plansichtern. Das hat zu einer merklichen Qualitätsverbesserung geführt.
Das vielstufige Verfahren der modernen Getreidemüllerei ist sehr viel effektiver und schonender als die Zerkleinerung in nur einem Durchgang, wie z. B. bei den meisten Haushaltsgetreidemühlen. Nur mit solchen Mahlverfahren können gute Backeigenschaften des Getreides optimal herausgearbeitet werden – Vitamine bleiben erhalten.